U cilju unapređenja saradnje u područjima zaštite sigurnosti, teritorijalnog integriteta Bosne i Hercegovine i borbi protiv svih oblika teškog kriminaliteta u junu 2005. godine, zaključen je "Sporazum o koordinaciji rada institucija iz oblasti obavještajnih, sigurnosnih i policijskih aktivnosti" (Ministarstvo obrane BiH, Ministarstvo sigurnosti BiH, Državna agencija za istrage i zaštitu, DGS, OSA, Uprava za indirektno oporezivanje BiH, Ministarstvo unutrašnjih poslova FBiH, Ministarstvo unutrašnjih poslova RS, Šef policije Brčko Distrikta, Šef finansijske policije FBiH, Direktor Porezne uprave RS, Direktor Porezne uprave FBiH i Tužilaštvo Bosne i Hercegovine), koje ima savjetodavnu ulogu.

Sistem za podršku krivičnim  istragama, posebno u oblasti povreda međunarodnog humanitarnog prava, unaprijeđen je potpisivanjem "Memoranduma o saradnji", u oktobru 2005. godine, između Tužilaštva Bosne i Hercegovine i Državne agencije za istrage i zaštitu (SIPA).

Memorandum o razumjevanju sa SIPA-om

Uputstvo o profesionalnoj saradnji sa SIPA-om