У управи Тужилаштва БиХ обављају се правни, административно-технички, општи и материјално-финансијски послови, ИТ послови, послови везани за односе с јавношћу и други послови неопходни за законито, благовремено и ефикасно функционисање Тужилаштва. У управи Тужилаштва обезбјеђује се и посебна подршка раду тужилачких одсјека.
Управом Тужилаштва, под надзором главног тужиоца, руководи секретар Тужилаштва и главном тужиоцу одговара за рад управе. У сврху обезбјеђивања ефикасног рада Тужилаштва секретар непосредно додјељује задатке у рад.
Послови из надлежности управе Тужилаштва обављају се у оквиру сљедећих унутрашњих организационих јединица:
Кабинет главног тужиоца
У Кабинету главног тужиоца воде се уписници и именици тужилачке управе, обавља рад на подјели списа тужилачке управе, води евиденција састанака и обавеза главног тужиоца, посјета Тужилаштву БиХ, протоколарни послови, послови превода за потребе главног тужиоца, послови сарадње с Министарством правде и Министарством вањских послова на реализацији контаката главног тужиоца и иностраних тужилаштава и међународних институција. У кабинету главног тужиоца такође се заприма пошта за главног тужиоца, примају телефонски позиви за главног тужиоца, те обављају други послови за главног тужиоца.
Канцеларија секретара Тужилаштва
У Канцеларији секретара Тужилаштва обављају се послови руковођења, надгледања и координирања рада свих одсјека и других организационих јединица управе, екстерне комуникације Тужилаштва са другим органима, израде нацрта и приједлога општих аката тужилаштва, као и израда појединачних аката, контролисања рачуноводствено-благајничке документације, пружања помоћи главном тужиоцу код припреме и извршења буџета, при утврђивању програма рада и информација о раду, те других планова и уопште пружања помоћи главном тужиоцу у обављању његових послова.
Одсјек за правне, административно-техничке и опште послове
У Одјелу за правне, друге стручне, административно-техничке и опште послове обављају се послови израде нацрта општих и других аката Тужилаштва, послови писарне, административно-технички послови, лекторски, преводилачки и библиотекарски послови, кадровски послови, дактилографски послови, послови протокола, курирски и други послови који су нужни за благовремено, законито и стручно обављање послова Тужилаштва.
Одсјек за материјално-финансијске послове
У Одсјеку за материјално-финансијске послове обављају се послови који се односе на припремање и израду буџета, других финансијских планова и финансијских извјештаја Тужилаштва, обрачуна плата и накнада, рачуноводствени и други материјално-финансијски послови, претходне фискализације приликом уговарања и уопштено претходне фискализације свих докумената из којих могу проистећи права и обавезе Тужилаштва, као и други послови нужни за остваривање функције Тужилаштва.
Одсјек за односе с јавношћу
Одсјек за односе с јавношћу прикупља и систематизује све вијести и коментаре који су повезани с Тужилаштвом, те о томе обавјештава главног тужиоца, замјенике главног тужиоца, друге тужиоце, секретара тужилаштва, израђује и отпрема саопштења за штампу и информације медијима.
Одсјек за ИКТ и обраду електронског доказног материјала
Одсјек за ИКТ и обраду електронског доказног материјала има кључну улогу у развоју информационо-комуникационог система Тужилаштва БиХ и праћењу нових информационо-комуникационих технологија и метода, те њиховој имплементацији у постојећи информатички систем. У овом одсјеку врши се и безбједносна обрада и руковање дигиталним и информатичким доказним материјалом, сортирање и похрањивање података. Одсјек за ИКТ послове и обраду електронског доказног материјала пружа помоћ и подршку корисницима у оквиру функционалности инсталиране опреме, подршку организовању едукације запосленика из домена ИКТ технологија, као и помоћ код реализације и извођења дигиталних доказа.
Канцеларија за посебну подршку Одсјеку III
У Канцеларији за посебну подршку Одсјеку III обављају се послови подршке Одсјеку III која се не обезбјеђује у другим одсјецима или организационим јединицама управе Тужилаштва.
Канцеларија регистрара
У Канцеларији регистрара обављају се послови подршке посебним одсјецима која се не обезбјеђује у другим одсјецима и организационим јединицама управе Тужилаштва, остваривања контаката са МКСЈ-ом и контаката са међународним донаторима.
Одсјек за истраге и подршку свједоцима
У Одсјеку за истраге и подршку свједоцима обављају се послови и предузимају мјере на откривању и истрагама кривичних дјела из надлежности Тужилаштва Босне и Херцеговине. У оквиру истрага на конкретним предметима у одсјеку се врши планирање и усаглашавање поступања и рада на истрази са предметним тужиоцем, односно стручним сарадником Тужилаштва БиХ, који ради по овлашћењу тужиоца и ОСЛ полицијских и других агенција за спровођење закона дефинисаних ЗКП БиХ. Одсјек додатно обавља и послове техничке, психолошке и друге врсте подршке свједоцима с циљем да се обезбиједи ефикасна сарадња са свједоком у истрази и током кривичног поступка, остварује адекватну сарадњу са другим агенцијама које врше заштиту свједока у истрази, како би се свједоку омогућило слободно и отворено свједочење у кривичном поступку пред Судом Босне и Херцеговине. Одсјек остварује потребну сарадњу унутар Тужилаштва БиХ, те са другим агенцијама за спровођење закона у БиХ.