Posebni odjel za ratne zločine formiran je nakon donošenja paketa zakona koji je usvojen u Parlamentu BiH u decembru 2004. godine, a koji su bili nužni da bi se predmeti sa MKSJ-a mogli procesuirati pred domaćim pravosudnim institucijama, kao i da bi se mogla preuzeti uloga Jedinice za pravila puta MKSJ-a koja je do svog zatvaranja pregledavala predmete ratnih zločina prije nego što domaći sudovi donesu odluku o lišenju slobode osumnjičenih za ratne zločine počinjene za području Bosne i Hercegovine. Odjel za ratne zločine je odgovoran za procesuiranje predmeta ratnih zločina koji su počinjeni na teritoriji Bosne i Hercegovine u periodu ratnih sukoba od 1992. do 1995. godine.
Posebni odjel za ratne zločine Tužilaštva BiH počeo je sa radom 09. marta 2005. godine, a inauguraciji su prisustvovali mnogi zvaničnici bosanskohercegovačkog pravosuđa, Haškog suda i međunarodne zajednice.
Posebni odjel za ratne zločine Tužilaštva BiH radi na nekoliko vrsta predmeta:
Predmeti 11bis, čije je prosljeđivanje počelo 2005. godine, su u narednim godinama pravosnažno okončani protiv svih osoba i završeni su osuđujućim presudama.
Izmjenama i dopunama Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji Tužilaštva BiH iz 2021. godine, izvršene su izmjene vezano za funkcionisanje tužilačkih timova.
Posebni odjel za ratne zločine bavi se procesuiranjem počinilaca krivičnih djela protiv čovječnosti i vrijednosti zaštićenih međunarodnim pravom iz glave XVII Krivičnog zakona Bosne i Hercegovine i u organizacijskom smislu svoj rad ostvaruje kroz funkcionisanje tužilačkih timova koji su ustanovljeni prema geografsko-regionalnoj strukturi Bosne i Hercegovine.
Posebnim odjelom za ratne zločine rukovode dva zamjenika glavnog tužioca.
Posebni odjel za ratne zločine ima šest timova formiranih po regionalnom principu, raspoređenih u tri odsjeka:
- Odsjek I (Tim 4 i Tim 5);
- Odsjek II (Tim 1 i Tim 2); i
- Odsjek III (Tim 3 i Tim 6).
Timovi formirani po regionalnom principu su:
- Tim 1 - Sjeverozapadna Bosna i dio Posavine;
- Tim 2 - Srednja Bosna;
- Tim 3 - Istočna Bosna (dolina Drine) i dio Posavine;
- Tim 4 - Sarajevo i istočna Bosna uključujući i Foču;
- Tim 5 - Zapadna Hercegovina i dolina Neretve; i
- Tim 6 - Srebrenica.
PREDMETI EKSHUMACIJE
Tužilaštvo Bosne i Hercegovine je zajedno sa novoosnovanim Institutom za nestale osobe Bosne i Hercegovine i Međunarodnom komisijom za nestale osobe prepoznalo problem stvarne nadležnosti u izvršenju radnji ekshumacija okružnih i kantonalnih tužilaštava tokom 2008. godine. Na sastanku održanom dana 28.10.2008. godine u organizaciji Tužilaštva Bosne i Hercegovine, na kojem su bili prisutni glavni tužilac Tužilaštva BiH, glavni tužilac Tužilaštva FBiH, glavni tužilac Tužilaštva RS-a, glavni tužilac Tužilaštva Brčko distrikta BiH, te predstavnici Instituta za nestale osobe Bosne i Hercegovine i Međunarodne komisije za nestale osobe, postignut je dogovor da u narednom periodu Tužilaštvo Bosne i Hercegovine zaprima sve informacije vezane za nestale osobe, a gdje se ukaže potreba za izvršenje ekshumacije da upućuje Sudu Bosne i Hercegovine zahtjeve za izdavanje naredbi za ekshumaciju.
Glavni tužilac Tužilaštva BiH donio je odluku da se počev od 01.01.2011. godine svi zahtjevi i svi predmeti ekshumacije i reekshumacije rješavaju u Tužilaštvu BiH i preko Suda BiH. Na ovaj način bit će konačno ispoštovane odredbe Zakona o krivičnom postupku BiH o stvarnoj i mjesnoj nadležnosti za postupanje u predmetima ekshumacija osoba stradalih posljedicama krivičnih djela ratnih zločina.
U Tužilaštvu BiH preduzete su odgovarajuće mjere na pripremi svih tehničkih i logističkih uslova radi realizacije budućih zahtjeva za ekshumacije. Akutni problem - pomanjkanje prostora, reflektuje se i na ovu sferu aktivnosti Tužilaštva, s obzirom da se može očekivati povećanje materijalne dokumentacije i dokaza nastalih izvršenjem ovih naredbi, a u budućem periodu će se pohranjivati u spisima i arhivi Tužilaštva.