Узимајући у обзир да "стратегија окончања рада" спрјечава МКСЈ да у потпуности испуни мандат који му је повјерен Резолуцијом 808 Савјета безбједности УН-а да казнено гони "особе одговорне за тешка кршења међународног хуманитарног права која су почињена на подручју бивше Југославије од 1991. год.", те је обзиром на догађаје у Босни и Херцеговини (која је била поприште најтежих, најраспрострањенијих и најсистематичнијих злочина), тај мандат уступљен надлежним институцијама у БиХ када су осумњичени нижег и средњег ранга.
Тужилаштво МКСЈ и Тужилаштво Босне и Херцеговине, имајући у виду да Одјел за ратне злочине Тужилаштва Босне и Херцеговине неће бити у стању обављати своју функцију у овом процесу без помоћи Тужилаштва МКСЈ, закључили су у рујну 2005. године "Меморандум о разумијевању између Тужилаштва Међународног кривичног суда за бившу Југославију (МКСЈ) и Тужилаштва Босне и Херцеговине-Посебни одјел за ратне злочине", којим потписнице регулирају међусобну сарадњу у погледу захтјева за помоћ, приступа документима, приступа изјавама свједока, контакта са свједоцима и свједоцима за које постоје заштитне мјере, приступа извјештајима, вјештацима итд.
Меморандум о разумијевању између Тужилаштва БиХ и МКСЈ