Parlament Bosne i Hercegovine je u listopadu 2003 godine usvojio Zakon o Tužiteljstvu Bosne i Hercegovine, koji je donesen odlukom  Visokog predstavnika u kolovozu 2002 godine.  Prva četiri domaća tužitelja u Tužiteljstvu Bosne i Hercegovine su izabrana 16. siječnja 2003. godine. Prvog međunarodnog tužitelja u Posebnom odjelu za organizirani kriminal, gospodarski kriminal i korupciju, u sklopu Tužiteljstva Bosne i Hercegovine, imenovao je Visoki predstavnik u ožujku 2003. godine.

Najavom strategije zatvaranja Međunarodnog kaznenog suda za bivšu Jugoslaviju 2003. godine bilo je jasno da bi Sud Bosne i Hercegovine i  Tužiteljstvo Bosne i Hercegovine trebali imati ovlasti na procesuiranju ratnih zločina i da bi trebali preuzeti predmete ratnih zločina iz Tribunala u Hagu. S tim ciljem je 2004. godine napravljen nacrt paketa pravnih akata, koji je i usvojen na Parlamentu Bosne i Hercegovine u prosincu 2004. godine. U siječnju 2005. godine, uspostavljen je treći odjel/ Odjel za ratne zločine, unutar Tužiteljstva Bosne i Hercegovine koji se bavi procesuiranjem počinilaca ratnih zločina.